為免爭議，營業秘密法中將營業秘密的歸屬做了詳細的規定及分類，以下做簡要的說明及整理：

一、僱傭關係：在僱傭關係中，員工在職務上所研發之營業秘密，除契約約定外，原則歸屬公司所有；但在非職務上員工所研發之營業秘密，則是屬於員工所有，惟研發過程中有利用到公司提供的資源(例如設備等)，則公司可以向員工支付合理報酬後，在業務範圍內使用此營業秘密。在這裡特別提醒企業，如果員工非職務上研發但可能利用公司資源，或是否為職務上研發難以區分時，為完整保護公司營業秘密的需求，建議公司可以在僱傭契約裡約定此種非職務上之研發，其營業秘密仍歸屬於公司。

二、出資聘請關係(§4)：公司出資委託專業第三方外聘人員進行協助營業秘密的開發（例如產品設計或配方研製），營業秘密的歸屬應由雙方約定，若未約定，則歸該受聘人所有；但應注意，若公司曾在該聘請關係中提供資金輔以協助，公司則可在業務範圍內使用該營業秘密。這是公司在委外開發時最容易忽略的一點，也就是出資研發者原則上不是營業秘密之歸屬者，若要避免這種情形，一定要在委託開發合約中約定營業秘密歸屬於出資者。

三、共同開發關係(§5)：若有數人共同研發之營業秘密，相互間之應有部分依契約之約定；若無約定則推定為均等。